Директор Института археологии с 1988 по 1991 год. В 1981 г. избран членом-корреспондентом Академии наук СССР. Действительным членом Академии наук СССР избран в 1987 году. Валерий Павлович огромное внимание в своих исследованиях уделял проблемам этнической антропологии и расоведения. Им опубликован ряд методических работ по краниологии и остеометрии. В.П. Алексеев уделял также много внимания проблемам происхождения человека и человеческого общества. Им была разработана концепция исторической антропологии, объединяющая этническую и эволюционную антропологию.